太平洋に浮かぶ南アタリア島。そこには２００年近く前に落下した異星人の戦艦マクロスと、それを調査する機関「ＥＯＴＩ」があった。
その調査で判明した技術「ＯＴＭ」は、世界の軍事バランスを一変させうるものだった。だが、それをＥＯＴＩは秘匿した。一部の技術は流出し、軍事転用されたが、それは極一部のことだった。
秘匿された技術で開発されたのは、異星人の脅威から地球を護るための兵器群だった。 その兵器をもって世界に戦線を布告したのは、ＥＯＴＩ改め、ディバインクルセイダーズ総裁であるビアン・ゾルダークだった。
コロニー落としを行い、地球に大打撃を与えたジオン公国を非難し、地球の脅威であるとし、地球連邦の腐敗は外敵の脅威に対抗できない。
そのため、ディバインクルセイダーズ（以下DC)は決起し、これらを排除して来るべき異星人の襲来に対処する。地球は狙われているのだ！
そんな放送が地球圏全体に流され、サイド６もコロニー連合を名乗ってこれに同調する姿勢を示した。
これを知ったシン・マツナガは、彼の旧友である○○○が、ＥＯＴＩの所属であり、彼はそんな人物ではないと語る。それを確認し、出来れば救出したい。それによってＤＣの内情も見えてくるはずだ。シンを乗せたＶＦ－２５が、そのステルス性能を活かして地球へ降下。南アタリア島を目指す。そこで彼らが見たものとは・・・！？
窮地に陥ったロンドベルを救うため、鋼の巨人が今、目覚める！！
時を同じくしてゼントラーディ軍の地球降下部隊が南アタリア島へ接近しつつあり、迎撃のためDCのアーマードモジュールが出撃。その隙をついてDCへ賛同できないオオミヤ博士は、自らが開発したグルンガストで脱出する。
降下してきたVF-25と合流したグルンガストだったが、飛行するアーマードモジュール「リオン」の追撃を受ける。リオンを撃退したのも束の間、DC副総裁であるシュウ・シラカワの駆るグランゾンと遭遇。 驚異的なパワーと、攻撃を無効にするフィールドを発生させるそのスーパーロボットは、VF-25とグルンガストを圧倒する。 そこへゼントラーディの降下部隊本体が降下、グランゾンはグラビトロンカノンでゼントラーディ部隊を一掃した。 その隙に脱出に成功したVF-25とグルンガストは大気圏を突破。暗礁宙域にあるロンドベル本拠へと到着したのであった。
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