味方を撤退させるために殿を務めていたガルマとシャアであったが、いかんせん多勢に無勢。ガウ攻撃空母を撃墜されたことにより撤退もままならず追い詰められたその時、白狼シン・マツナガが愛機のMS-06R（地上高機動型）とともに現れる。その忠義によって窮地を救われたガルマだったが、趨勢は変わらず追い詰められていく。
ロンドベルはシオンの仲間である武装貨客船エルザで北米大陸へと舞い戻った。目的はゼントラーディ軍の猛攻に晒されているジオン重力戦線司令官ガルマ・ザビを救出し、ジオンとの間に友好関係を築くためだ。
戦場に到着した時点で、ガルマとシャア、それにシン・マツナガのモビルスーツが残るのみであった。ゼントラーディ軍へ突撃していくロンドベル。
激戦の最中、最前線で戦っていたシンのザクが撃破されてしまう。これまでか・・と覚悟を決めたその時、宇宙から降りてきていたシオン・ウヅキがエルザよりコンテナを射出。
『受け取って！ マツナガ少尉の為に作り上げた新しい剣・・・この時代には未だ生まれ出ことのない力・・・ギャン・クリーガー!!』
新しい機体に乗り替えたシンは、存分にその力を発揮し戦場を駆けた。白狼や赤い彗星の活躍もあり、ゼントラーディ軍の前衛部隊を押し返しつつあったその時、太平洋側から飛来する巨大戦艦。
それは南アタリア島に落下したメテオ３・・・巨人サイズでの運用が想定された異星人の戦艦。その超技術EOT（エクストラオーバーテクノロジー）が研究され、この100年で地球の技術力は飛躍的に向上した。その異星人の戦艦は長い年月を掛けて修復され、SDF-1マクロスとして生まれ変わった。そのマクロスが南アタリア島を急襲したゼントラーディ軍の追撃を逃れ、ここまで逃れてきたのだ。
マクロスを追撃してきたゼントラーディ軍を加え、双方の生き残りのために共闘するマクロスとジオン、ロンドベル。ディバインクルセイダーズのビアン・ゾルダーク博士が提唱した外宇宙脅威論が目指した地球人類の団結という理想を一時体現した彼らは、ゼントラーディ軍を退けることに成功する。
周囲の敵を駆逐することに成功した彼らだったが、ゼントラーディ軍の艦隊は続々と集結しつつあった。そこでマクロス艦長グローバルは、空間跳躍航法であるフォールドによって月の裏側へ瞬間移動し窮地を脱するとともに、敵の目標であるマクロスを地球から遠ざけることでとりあえずの戦闘を回避することを選択する。
フォールドを慣行するマクロスだったが、予期しない出来事が発生する。テストも済んでいなかったマクロスのフォールド機関は、不安定な重力下で発動させたこともあって誤作動を引き起こし、マクロスはおろかロンドベルやジオン、周囲の街まで飲み込んで共に空間跳躍していた。
デ・フォールドした先は月の裏側ではなく、地球より遥か彼方・・・土星近傍であった。マクロスと、巻き込まれた者たちの運命は・・・。