地球へ降りたホワイトベースとロンドベルは、南シナ海でザフトの潜水艦隊の攻撃を受ける。
沿岸部を北東へ向かった彼らは、日本の瑞穂基地へとたどり着いた。
鎖国していた八門結界を破壊され、ジオンやコロニー連合と敵対することとなった日本は地球連邦軍への協力を決定。その一環としてホワイトベースを受け入れたのだった。
瑞穂基地で補給と修理を行い、しばしの休息を取っていた彼らだったが、事態は意外な展開を見せる。
かつて光子力研究所のマジンガーZによって倒されたドクターヘルが復活し、日本政府と地球連邦に宣戦布告してきたのだ。
放送と同時に関東へ進攻するあしゅら男爵の海底要塞ブード。それと同時に現れる天使兵。
瑞穂基地のシュネルギアが天使兵の迎撃に向かい、ホワイトベースとロンドベルは日本のヴィヴリオ大佐の要請を受け機械獣の迎撃に向かう。
高々と日本侵攻を宣言するあしゅら男爵と鉄仮面軍戦車部隊の前に現れたのは黒鉄の城マジンガーZを駆る兜甲児であった。
だが、あしゅら男爵はマジンガーZへの復讐のため、5体もの機械獣を用意していた。
窮地に陥ったかに見えた兜甲児とマジンガーZであったが、機械獣の包囲を突破し、海底要塞ブードの外郭にロケットパンチを打ち込む。
外殻に穴が開き、これでは潜航できなくなると苦々し気に吐き捨てて撤退するあしゅら男爵と機械獣たち（鉄仮面軍戦車部隊は自爆した）。
兜甲児とロンドベルは一時の勝利を手にしたが、八門結界を失い、かつての侵略者が復活した日本はこの先どうなっていくのか？
「ルート選択」
日本に残り、兜甲児らと共に侵略者たちと戦う。
ホワイトベースを南米ジャブローへ送り届けるため、北米へ向かう。≪
ロンドベルは日本の現状を憂いながらも、当初の目的どおりにホワイトベースと共に北米へと進路を取る。
そこにはジオン重力戦線司令官のガルマ・ザビ大佐が待ち受けていた。