遠い国にコロニーが落ちて、僕の街で戦争が始まった。
ジオンと地球連邦の戦いは、日本が７９年間守ってきた鎖国を終わらせた。
歴史上二度目の鎖国・・・いや、正式に「鎖国」と称した政策をとったのはこれが最初。法令上も物理的にも、他国との交流を断つ鎖国であったが、数少ない「出島」による交流は行っていた。
その相手がオーブ首長国連邦だ。
日本の関東にある瑞穂基地は、統一帝国の亡命政府による実験基地であり、オーブの開発したMSの運用実験を行っていた。
そんな最中、日本を覆う八門結界が一瞬にして破壊された。それは、宇宙から飛来した一本の槍によるものだった。
コロニーという名の槍は、遥かオーストラリア大陸のシドニーと北米に落下。
衝撃波と津波により、世界中に大打撃を与えたのだ。
その直接的な被害は結界により防いだものの、その力は永久に失われた。
地球侵攻作戦の拠点とするべく、日本へ侵攻を開始するコロニー連合のザフト。迎え撃つのは瑞穂基地の様々な実験兵器たち。
だが、それらの兵器の本来の敵は別にあった。
そして三度、福音はもたらされる。
瑞穂基地で実験されていたのはＧ３（ゲードライ）の天使核兵器エンゼルギア。その中でも圧倒的な性能をもつ第三世代人間戦車シュネルギアが実戦投入を想定して少数生産されつつあった。
一方、オーブ首長国連邦のモルゲンレーテ社は、鎖国状態の日本国内ならば極秘開発に最適とばかりに、本国にも秘匿していた「Ｇ」と呼ばれるモビルスーツ開発を行っていたのだ。その最終試験のため瑞穂基地へと運び込まれた５機のＧであったが、そのうち４機はザフトの特殊部隊に奪取されてしまう。
残った1機のＧ・・・ストライクと、完成していたシュネルギアが追撃を行うも、あと一歩のところで予想外の敵に行く手を阻まれる。
その敵とは、７９年前の前大戦で統一帝国を滅亡に追い込み、世界を席巻した天使の軍勢。圧倒的な力をもったその軍勢は、当時の兵器では全く太刀打ちできず、日本は本土防衛のために八門結界を発動させ鎖国に突入した。
その後、世界と天使兵がどうなったのかは伝わっていない。だが、その脅威はいつの日にか再臨すると予見され、天使兵に対抗しうる唯一の兵器としてシュネルギアが開発されたのだ。
日本と統一帝国軍Ｇ３の宿敵とも呼ぶべき天使兵が、大挙して襲来してきた。なんとかそれを撃退したＧとシュネルギアであったが、奪われたＧはザフトの手に落ち、天使兵は今後も出現すると予想された。
ジオンの宣戦布告から始まる混沌とした世界は、新たな敵「天使」の出現でさらに混迷を深めていく。