ジオン、プラントによる大規模な降下作戦が行われてより1ヶ月が経過していた。
コンサート会場を襲撃したゼントラーディを撃退した二人の女性は、シオン・ウヅキとKOS-MOSと名乗った。
彼女らは地球をロストエルサレムと呼び、彼女たちの世界で4000年以上前に放棄され、帰還不能とされていた。その地球の一部、レンヌ・ル・シャトーと呼ばれる地表の一部が発見され、調査のために仲間が向かった。だが、アクシデントにより仲間の船が取り残されてしまい、救出のため彼女たちはレンヌ・ル・シャトーへ進入した・・はずであったのだが、気が付けば彼女たち二人だけがアイランド船内に出現していた。
彼女たちは仲間もこちらに来ている可能性があるとし、その捜索の協力を要請してきた。 交換条件として、彼らの言う汎銀河ネットワーク「U.M.N.」を介して様々な技術的サポートを受けられる。彼女たちのいた時代（世界）は、グノーシス現象と呼ばれる事象によって人類滅亡の危機にあり、一連の混乱と無関係とは思えない。協力体制を結んだロンドベルは、彼女たちを受け入れる。これによりU.M.N.を利用してフロンティアの工場での機体生産を効率化することができたため、様々な勢力の機体を生産、実戦投入が可能となったのであった。
そんな中、レビル将軍よりロンドベルへ緊急連絡が入る。ジオンと思われる部隊にルナツーが襲撃されたという。ルナツーは機能停止同然で、新造艦と試作モビルスーツは脱出させたものの、ジオンの追撃は避けられない。さらにデータにないモビルスーツを使う部隊も確認されており、その映像にはあのガルバルディが映し出されていた。
新造艦ホワイトベースの救援と、連邦軍本部ジャブローまでの護衛。それがレビルからの依頼であった。救援のために出撃するロンドベルは、ジオンの赤い彗星シャア・アズナブルからなんとか守り切ることができた。しかし、そこへ現れた例のガルバルディは、ロンドベルに自らの組織に加わるよう要請する。その組織の名はラストバタリオン。ロンドベルと同様に歴史に介入し、その改変を望む者たち。
これから起こる様々な脅威に対して、重力に魂を縛られたままの人類では太刀打ちできない。彼らはジオンの勝利・・・というよりスペースノイドの独立を望み、宇宙主導で外敵への備えを行う。そういう目的のために行動しているのだという。そのためにも連邦の反撃の要であるV作戦を妨害する。ラストバタリオンに協力して、まだニュータイプとして覚醒していないアムロ・レイを歴史の闇に葬るのか。それとも、それとは違う未来を・・・ロンドベル独自の未来を築くのか・・・その答えは、訣別であった。
アクシズショックによってニュータイプへと覚醒した彼らにとって、彼・・・ファントムの言葉は信用できなかった。ロンドベルはファントムのガルバルディを相手に再び戦い、これを撃退した。
ホワイトベースへ着艦し地球へと降下していくロンドベル。シャアの攻撃とガルバルディとの戦闘でホワイトベースの降下地点が逸れ、東アジア地域に降下していた。ホワイトベースでは、若き日のブライト・ノアと、そしてアムロ・レイが待っていた。果たして、この出会いはなにをもたらすのか。
物語は時系列を少しばかり遡り、そしてまた下る。舞台は極東の島国「日本」の瑞穂基地へと・・・。
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