マクロスフロンティア船団は、超時空生命体ヴァジュラの襲撃を振り切るため、超長距離フォールドを決行した。
だが、デ・フォールドした先に船団はなく、１隻のアイランド船のみ。友軍機は特殊任務部隊VF－Xの機体２機のみ。
そして、あろうことか目前に見える惑星は、彼らの故郷である地球であったのだ。 混乱する彼らの前に、新たなデ・フォールド反応が探知された。
姿を現したのは戦闘しかしらない巨人の軍隊、ゼントラーディ軍の戦艦であった。
攻撃を仕掛けてくるゼントラーディ軍に対して、その前衛部隊を撃破し、アイランド船を護ったVF－Xであったが、そこへ敵の母艦が姿を現す。
苦境に立たされた彼らを救ったのは、デ・フォールドしてきた友軍艦「マクロスクォーター」であった。
マクロスキャノンの一撃は敵母艦を粉砕し、戦闘を終結させた。
合流した彼らの前に、第三勢力からの通信が入る。彼らはロンドベルと名乗り、この戦闘の説明を求めてきた。
信じがたいことに、どうやらここは先ほどまで居た世界ではなく、並行世界の未来であるようだ。
宇宙世紀００７９年。その聞きなれない年号は、彼らの時代より１００年以上未来。しかし、彼らの世界であった人類存亡をかけた宇宙大戦は発生しておらず、移民船団が出航することもなかった。
それが今になってのゼントラーディ軍の襲来。それに合わせたかのように地球へデ・フォールドしたVF－Xとフロンティア船団の一部。
これが意味することと、フロンティア船団本隊への復帰手段・・・（太陽系は複雑なフォールド断層によって隔離されている事実が判明した）・・・それらが明らかになるまでは、この地球に滞在する他なかった。
ロンドベルはそのための拠点を提供してくれるという。彼らも似たような境遇であり、この世界では異邦人である。
事態が明確になるまでは、この世界に積極的に関与すべきではない。だが、もしもこれからボドルザークラスの機動要塞に襲撃されるのだとしたら・・・その時は決断しなくてはならないだろう。
人類を護るために。
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